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データ解析

GeneSpring GXについて

GeneSpring GXは遺伝子発現解析やゲノム解析を行う生物学者のニーズに特化した強力な解析ソフトウェアです。

正規化(ノーマライズ)

マイクロアレイ実験で得られた生データを、サンプル間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。

有効プローブ抽出(データフィルタリング)

実験データのうち、解析ソフトで有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを削除します。また、全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど、基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。

データQC(クオリティコントロール)

クラスタリング、PCA(主成分分析)、全体の発現値の傾向(Box-plot)等により、著しく発現傾向の異なるサンプルがないかサンプルのデータQCを行います。

発現変動遺伝子の抽出

条件間で発現変動する遺伝子を、Fold Change、t検定(群間比較)、ANOVA(3群以上の場合)などにより抽出します。

Gene Ontology解析

各種フィルタや統計解析でピックアップした遺伝子リストに対して、どのGene Ontologyに属しているかを迅速に検索することが可能です。

Network解析

Agilent社がPubMedから自然言語処理(NLP)で収集した相互作用情報を利用して、発現変動遺伝子リスト内でのネットワーク構築を行います。

解析については、ご相談の上、ご希望に沿った最適な解析方法でご提供させていただきます。

アジレントテクノロジー社製 GeneSpring GX

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